W ramach profilaktyki pierwotnej raka szyjki macicy stosowane są obecnie szczepienia przeciwko HPV, są to szczepionki dwu-, cztero- lub dziewięciowalentne. Oznacza to, iż wywołują odporność przeciwko dwóm (Cervarix®), czterem (Gardasil®) lub dziewięciu (Gardasil-9®) genotypom HPV. Najsilniejszy związek z rozwojem raka szyjki macicy wykazuje typ 16 i 18 (ok. 70% przypadków raka) – jest to podstawowy składnik każdej szczepionki. HPV 6 i HPV 11 wywołujące głównie zmiany łagodne pod postacią kłykcin kończystych. Szczepienia mają największą skuteczność w przypadku młodzieży przed inicjacją seksualną. Dziewczynki jako potencjalnie narażone na infekcję HPV i w efekcie rozwój raka szyjki macicy powinno zaszczepić się pomiędzy 11-13 rokiem życia. Szczepienia należy również proponować kobietom, które już rozpoczęły współżycia, a także w sytuacji kiedy w badaniu cytologicznym stwierdzono nieprawidłowości. Duże korzyści mogą odnieść pacjentki po leczeniu zabiegowym zmian na szyjce macicy. Proponuje się również szczepienie chłopców jako potencjalnie przenoszących infekcję HPV na swoje partnerki.
